Ông muốn được đụng chạm vào những vết thương của Thầy Giêsu.Vì với Ông đó là dấu ấn đặc điểm của Chúa Giêsu đã hy sinh chịu chết trên thập gía.
Ông không muốn đức tin vào Chúa Giêsu phục sinh chỉ ở tầng bên trên. Nhưng cần phải đi sâu vào tận vết thương tình yêu của Chúa.
Với Ông, những vết thương đóng đinh nơi Chúa Giêsu là hình ảnh lòng thương xót của Ngài đối với con người, cùng quan trọng cho đức tin vào Chúa Giêsu.
Chúa Giesu hiện ra cho Ông được nhìn thấy những vết thương nơi thân thể Ngài, sự hoài nghi nơi Ông liền biến ngay. Và từ đó đã dẫn đưa Ông tới đức tin vào Chúa Giêsu phục sinh qua lời tuyên tín và cũng là lời cầu nguyện thâm sâu: Lạy Chúa, lạy Chúa của con. ( Ga 20,28.)
Đức nguyên Thánh Cha Benedicto XVI. trong bài giáo lý về Thánh Toma Tông đồ đã có suy tư: „ Trường hợp của Thánh Tông đồ Toma với chúng ta có ít nhất ba điều quan trọng: Thánh Toma mang lại niềm an ủi cho chúng ta trong những khi chúng ta gặp hoài nghi; Thánh Toma chỉ cho chúng ta, hoài nghi có thể dẫn đưa tìm đến ánh sáng giúp vượt qua sự bấp bênh mù mịt, và như Thánh Toma, những lời của Chúa Giêsu nhắc nhớ chúng ta đến ý nhĩa chính thật của đức tin . Đồng thời cũng giúp chúng ta can đảm, cho dù có những khó khăn hoài nghi, tiếp tục trung thành theo Chúa.“Trong một cuộc hội thảo về tôn giáo, viên kỹ sư thao thao bất tuyệt chứng minh tôn giáo chỉ là thuốc phiện mê hoặc dân chúng. Thế nhưng khi bàn bạc và trao đổi, thì một cụ già đã phát biểu như sau: - Theo tôi thì khoa học chỉ là chuyện bịa đặt và láo khoét. Viên kỹ sư ngạc nhiên hỏi cụ già tại sao nói thế, thì cụ già đã trả lời: - Ngài chẳng biết gì về tôn giáo, nhưng lại lên tiếng chỉ trích tôn giáo, thì tôi đây, tôi chả biết gì về khoa học, thì liệu tôi có quyền phê bình khoa học như tôi vừa phát biểu hay không?
Khoa học và đức tin, phải chăng là hai thái cực đối nghịch. Làm thế nào để dung hòa đức tin và khoa học.
Từ những ý nghĩ trên, chúng ta đi vào đoạn Tin mừng sáng hôm nay và chúng ta có thể nói: Thánh Tôma, nếu không phải là thánh tổ của các nhà khoa học thì cũng là một vị thánh có tinh thần khoa học, bởi vì các nhà khoa học chỉ tin, chỉ công nhận là thật những gì mình có thể kiểm chứng được. Nhà khoa học trước khi tin, thường nghi ngờ. Cái đó gọi là óc phê bình.
Jean Guitton đã nói: Tôi luôn hoài nghi. Chính vì hoài nghi mà tôi có được óc phê bình, nhờ đó mà tôi có thể tin vững chắc. Tuy nhiên, liệu chúng ta có quyền xử dụng óc phê bình trong lòng tin hay không? Dẫu muốn hay không, thì trong quá trình của lòng tin, chúng ta thường gặp rất nhiều nghi ngờ như Bernanos đã nói: Tin là hai mươi bốn giờ nghi ngờ trong một ngày, trừ những giây phút trông cậy. Làm sao chúng ta có thể dung hòa được giữa khoa học và tôn giáo, giữa lý trí và đức tin. Nếu phân tích, chúng ta sẽ thấy điểm cuối cùng của khoa học và đức tin nhằm tới chính là Thiên Chúa, tuy nhiên phương pháp xử dụng thì khác biệt nhau.
Phương pháp của khoa học là phương pháp thực nghiệm, đi từ những sự việc cụ thể, để rồi dần dần tiến đến cùng Thiên Chúa, là tác giả của những sự việc cụ thể ấy. Trong khi đó, đức tin thì xuất phát từ Thiên Chúa dựa vào những điều Ngài mạc khải, Ngài tỏ lộ để tìm biết về Ngài. Cũng theo Jean Guitton, thì phải làm sao cho lý trí biết tin và nhất là làm cho lòng tin trở nên có lý. Đó là chuyện của các nhà chuyên môn.
Còn đối với chúng ta, những người tín hữu bình thường thì không đặt vấn đề như thế. Chúng ta thường nói tin yêu. Càng yêu mến nhiều, thì càng tin tưởng vững chắc. Và những người có lòng kính mến Chúa thì thường không cần phải tin, vì họ đã thấy.
Đây là trường hợp của Gioan, khi nhìn thấy bóng người đi trên mặt biển, trong khi các tông đồ bảo là ma, thì chỉ mình Gioan đã kêu lên: Thày đấy.
Rồi trong ngôi mộ rỗng, với những dây băng và khăn liệm được xếp gọn ghẽ, thì Gioan đã tin rằng Chúa đã sống lại. Sở dĩ Gioan đã thấy, đã tin chỉ vì ông có lòng yêu mến. Bởi đó, chúng ta hãy xin Chúa thắp lên trong chúng ta ngọn lửa yêu mến, nhờ đó mà lòng tin nhỏ bé của chúng ta sẽ được củng cố và trở nên vững vàng.
